Bağırsaklardaki yararlı bakterilerin zararlı bakterilerden az olması ise bağışıklık sisteminin zayıflamasına neden olur. Hastalıklardan korunmak için önemli olan bağışıklık sistemi, insan sağlığı için koruma kalkanı gibidir. Şalgam suyu, bağışıklık sistemini güçlendiren yararlı alternatifler arasında yer alır. Özellikle B Grubu vitaminleri içermesi sebebiyle stresin de düşmanı olan şalgam suyu, bağırsak florasını koruyor.